Le foie est un organe important qui est responsable de nombreuses tâches essentielles à la vie. Tout ce qui est consommé passe dans les intestins où les aliments et les boissons sont métabolisés en diverses molécules qui sont transmises dans la circulation sanguine et envoyées au foie.
Non seulement le foie filtre-t-il le «mauvais» du «bon» de ce qui est envoyé des intestins, mais il joue également un rôle important dans la production de facteurs de coagulation du sang (protéines qui aident la coagulation du sang) et en aidant à contrôler le taux de glucose sanguin. Lorsque le foie est gravement endommagé, il ne peut plus éliminer ces molécules toxiques ou produire les éléments vitaux. En outre, le foie malade libère des molécules toxiques. Une combinaison de tous ces facteurs (y compris une accumulation de toxines dans le sang) affecte le fonctionnement normal du cerveau, ce qui provoque l'EH.
L'une de ces molécules est l'ammoniac, et elle est centrale dans la pathogenèse de l'EH. L'inflammation et le stress oxydatif sont d'autres facteurs qui peuvent nuire au cerveau. Ces facteurs peuvent être libérés dans la circulation sanguine en raison du foie endommagé ou peuvent être produits localement dans le cerveau.